La plateforme de génomique unicellulaire offre les services allant de l’encapsulation cellulaire (essai « Single cell ») jusqu’à l’analyse des données.
Instruments
- Chromium controller (10X genomics)
Local : 6.17.310
- Chromium IX (10X genomics)
Local : 6.17.310
- Cytassit (10X genomics)
Local : 6.17.310
- Tapestri (mission bio)
Local : 6.17.310
Services
- Single cell RNAseq (3’ GEX) : Séquençage d’ARN unicellulaire en 3’ permettant de découvrir la dynamique d’expression génique ainsi que le profilage moléculaire de sous-groupes de cellules.
- CITE-seq et librairies de multiplexage (Multiplexing libraries - Feature barcoding libraries) : utilise les protéines de surface (et aussi les lipides dans le cas des protocoles multiplex) pour analyser l’expression des protéines à la surface de chaque cellule (CITE-seq) ou pour combiner plusieurs échantillons et réduire les coûts (multiplexage).
- Sequençage unicellulaire de la chromatine accessible à la transposase (single cell assay for transposase element (ATAC)) : révèle les régions ouvertes de la chromatine sur l’ensemble du génome, pour chaque cellule. CITE-seq et ATAC-seq peuvent être combinés avec le 3’ GEX pour corréler l’ARNm à la protéine et l’état de la chromatine à l’ARNm, respectivement, permettant d’analyser la régulation de l’expression génique.
- Profilage immunitaire unicellulaire (Single Cell immune profiling) (V(D)J et 5’ GEX) : permet de révéler la diversité clonale des cellules T et B, ainsi que des recombinaisons V(D)J. Si couplé avec la mesure de l’expression génique en 5’, permet une haute résolution du système immunitaire adaptatif.
- Transcriptomique spatial (10X Genomics) : permet de combiner l’information transcriptomique de chaque cellule à leur position dans le tissu.
- Tapestri : permet de réaliser une réelle analyse multi-omique par la détection simultanée des SNVs, CNVs et des protéines de surface de chaque cellule. Cela permet ainsi de déterminer la structure clonale d’un échantillon, pour des applications principalement en oncologie où différentes mutations acquises par la tumeur sont co-associées et caractérisent des populations cellulaires distinctes.
Contact
Séverine Landais
Responsable, Volet génomique unicellulaire
severine.landais.hsj@ssss.gouv.qc.ca
Valérie Villeneuve
Chef des plateformes scientifiques
valerie.villeneuve.hsj@ssss.gouv.qc.ca
Vincent-Philippe Lavallée
Directeur scientifique
vincent-philippe.lavallee.hsj@ssss.gouv.qc.ca